会社が破産する場合、取引先に対する売掛金は一般的にどうなりますか

破産申立を弁護士に依頼して以降は、従前どおりの流れで回収することはできません。

会社名義の預貯金、在庫商品の処理同様、依頼した弁護士に処理を一任していただきます。
なお、その弁護士の判断で、代理人弁護士名義で売掛金を請求する場合もありますが、多くの事案では、そのまま破産管財人に引継する、つまり、発送済み請求書の写し、請求書を発送していない場合は帳簿のデータを破産管財人に提出することになります。

そして、破産管財人が、独自に未収売掛先に対して請求することにより、回収を図って、それを破産財団に組み入れることになります。