会社が破産する場合、どの裁判所に破産申立をするのでしょうか

破産申立ては、原則として、法人の場合、主たる営業所の所在地、外国に主たる営業所を有する場合は日本における主たる営業所の所在地を管轄する地方裁判所が管轄裁判所とされています(原則的土地管轄(破産法5条1項))。
また、原則的土地管轄にしたがって管轄裁判所が決定されないときは、財産所在地の地方裁判所が管轄をもちます(補充的土地管轄(破産法5条2項))。

従って、一般的には本社・本店のある近くの裁判所に申し立てることが多いと考えられますので、例えばさいたま市に本社のある会社の場合は、浦和区にあるさいたま地方裁判所に申し立てることになります。
これらの管轄は、専属管轄であり、公益の観点から、当事者の合意によって管轄を変更できないこととなっています。